Direktorat Jenderal Farmasi dan Alat Kesehatan mempunyai tugas menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang pengelolaan farmasi dan alat kesehatan.

Berdasarkan Permenkes 21 Tahun 2024, pasal 116 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 115, Direktorat Jenderal Farmasi dan Alat Kesehatan menyelenggarakan fungsi :

1. perumusan kebijakan di bidang ketahanan farmasi dan alat kesehatan, produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan, dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, dan tata kelola perbekalan kesehatan, serta pelayanan kefarmasian;
2. pelaksanaan kebijakan di bidang ketahanan farmasi dan alat kesehatan, produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan, dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, dan tata kelola perbekalan kesehatan, serta pelayanan kefarmasian; 
3. penyusunan norma, standar, prosedur dan kriteria di bidang ketahanan farmasi dan alat kesehatan, produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan, dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, dan tata kelola perbekalan kesehatan, serta pelayanan kefarmasian; 
4. pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang ketahanan farmasi dan alat kesehatan, produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan, dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, dan tata kelola perbekalan kesehatan, serta pelayanan kefarmasian; 
5. pelaksanaan pemantauan, analisis, evaluasi, dan pelaporan di bidang ketahanan farmasi dan alat kesehatan, produksi dan distribusi sediaan farmasi, alat kesehatan, dan perbekalan kesehatan rumah tangga, pengawasan alat kesehatan dan perbekalan kesehatan rumah tangga, dan tata kelola perbekalan kesehatan, serta pelayanan kefarmasian; 
6. pelaksanaan administrasi Direktorat Jenderal; dan 
7. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.