Direktorat Jenderal Penanggulangan Penyakit mempunyai tugas menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang penanggulangan penyakit.

Berdasarkan Permenkes 21 Tahun 2024, pasal 62 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 61, Direktorat Jenderal Penanggulangan Penyakit menyelenggarakan fungsi:

1. perumusan kebijakan di bidang pencegahan dan pengendalian penyakit, pemberantasan penyakit menular, dan penanganan penyakit tidak menular;
2. pelaksanaan kebijakan di bidang pencegahan dan pengendalian penyakit, pemberantasan penyakit menular, dan penanganan penyakit tidak menular;
3. penyusunan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang pencegahan dan pengendalian penyakit, pemberantasan penyakit menular, dan penanganan penyakit tidak menular;
4. pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang pencegahan dan pengendalian penyakit, pemberantasan penyakit menular, dan penanganan penyakit tidak menular;
5. pelaksanaan pemantauan, analisis, evaluasi, dan pelaporan di bidang pencegahan dan pengendalian penyakit, pemberantasan penyakit menular, dan penanganan penyakit tidak menular;
6. pelaksanaan administrasi Direktorat Jenderal; dan
7. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.