Inspektorat Jenderal mempunyai tugas menyelenggarakan pengawasan intern di lingkungan Kementerian.

Berdasarkan Permenkes 21 Tahun 2024, pasal 170 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 169, Inspektorat Jenderal menyelenggarakan fungsi :

1. penyusunan kebijakan teknis pengawasan intern di lingkungan Kementerian;
2. pelaksanaan pengawasan intern terhadap kinerja dan keuangan melalui audit, reviu, evaluasi, pemantauan, dan kegiatan pengawasan lainnya;
3. pelaksanaan pengawasan untuk tujuan tertentu atas penugasan Menteri;
4. penyusunan laporan hasil pengawasan di lingkungan Kementerian;
5. pelaksanaan administrasi Inspektorat Jenderal; dan
6. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.