Sekretariat Jenderal mempunyai tugas menyelenggarakan koordinasi pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Kementerian.

Berdasarkan Permenkes 21 Tahun 2024, pasal 10 dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud diatas, Sekretariat Jenderal menyelenggarakan fungsi :

1. koordinasi kegiatan Kementerian;
2. koordinasi dan penyusunan rencana, program, dan anggaran Kementerian;
3. pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi ketatausahaan, sumber daya manusia, keuangan, kerumahtanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat, arsip, dan dokumentasi Kementerian;
4. pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana;
5. koordinasi dan penyusunan peraturan perundangundangan serta pelaksanaan advokasi hukum;
6. koordinasi dan penyelenggaraan pengelolaan barang milik/kekayaan negara dan pengelolaan pengadaan barang/jasa; dan
7. pelaksanaan fungsi lain yang diberikan oleh Menteri.